Abrimos Nautilus como usuario administrador:
sudo nautilus
Localizamos el archivo .htaccess en /opt/lampp/htdocs/owncloud/.htaccess (os recuerdo que es un archivo oculto):
Abrimos el archivo con Gedit, y cambiamos el valor de 513M a 2048M en las líneas siguientes del archivo .htaccess
php-value upload_max_filesize 2048M
php-value post_max_size 2048M
Guardamos el archivo al salir, y lo ocultamos nuevamente con Ctrl+h. Ya podemos subir un archivo con un tamaño máximo de 2GB.